1949 yılında Çorum'da doğdu. İlkokulu bitirdikten sonra Hasanoğlan Öğretmen Okulu'na girdi. Burayı bitirdikten sonra istanbul Çapa Yüksek Öğretmen Okulu'na başladı. Aynı zamanda İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi-Fizik Bölümü öğrencisi olan Kaypakkaya, sol düşüncelerle burada tanıştı. Mart 1968'de Çapa Fikir Kulübü'nün kurucuları arasında yer aldı. Çapa Fikir Kulübü'nün başkanı olan Kaypakkaya, 6. Filo'ya karşı bildiri yayınladığı gerekçesiyle Kasım 1968'de okuldan atıldı.
FKF ve TİP içinde ortaya çıkan ayrışmada MDD kesiminde yer aldı. İşçi-Köylü gazetesinin istanbul'daki bürosunda çalışan Kaypakkaya, Aydınlık ve Türk Solu dergilerine yazılar yazdı. Aydınlık içinde meydana gelen ayrışmada D. Perinçek'in başını çektiği PDA saflarında yer aldı. 1972 yılına kadar PDA (TİİKP) saflarında çalıştı ve DABK üyesi olarak görev yaptı. Bu tarihte PDA oportünistleriyle yolları ayrıldı. D. Perinçek ve çevresinin revizyonist ve oportünist olduklarını söyleyen Kaypakkaya, ayrılık sonrasında TKP/ML-TİKKO'yu kurdu.
TKP/ML faaliyetlerinin yoğunlaştırıldığı Dersim bölgesinde mücadele ederken, 24 Ocak 1973'de Vartinik mezrasında oligarşinin resmi zor güçleri tarafından sarıldı. Çatışma sırasında Ali Haydar Yıldız şehit düşerken, Kaypakkaya yaralı olarak çatışma alanından uzaklaştı. Ancak beş gün sonra kendisinin kaldığı köydeki bir öğretmenin ihbarıyla yakalandı. Dört ay süren işkencelerde hiçbir şeyi kabul etmedi ve bu işkenceler sonucu 18 Mayıs 1973'de yaşamını yitirdi.
Onun işkencedeki kararlı tutumu tüm devrimciler için bir örnek olmuştur.
